En las tierras de San Isidro, se encontró vestigios de asentamientos aborígenes relacionados con la cultura de los Pastos, especialmente lo que tiene que ver con restos de viviendas y utensilios de cerámica muy coloridos, también es válido mencionar que gran parte de San Isidro fue un inmenso lago en la antigüedad el cual albergaba aves y grandes totorales.
En la época colonial, los habitantes fueron objeto de las mitas, obrajes, encomiendas y reducciones, actividades que fueron practicadas durante aquella época, especialmente por españoles, criollos y Jesuitas que eran los grandes terratenientes, con el propósito de producir en estas tierras construyeron acequias de regadío razón por la cual la parroquia es actualmente atravesada por tres de las mismas.
Durante el período republicano, la comunidad disponía de caminos de herradura que la conectaba con ciudades tales como: Tulcán, Ibarra y Quito para realizar actividades de comercio, en 1868 sufrió al igual que Ibarra los efectos del devastador terremoto que casi terminó con la totalidad de viviendas asentadas hasta ese entonces, el 23 de abril de 1898 durante la presidencia de Plácido Caamaño obtiene la categoría de Parroquia y se construye el parque central y el cementerio, el 18 de julio de 1901 adquiere la denominación de parroquia eclesiástica, en 1934 se construye la imponente iglesia Parroquial, en 1937 se crea la primera institución jurídica denominada sociedad obrera Mariscal Sucre, en 1947 se construye el teatro Abel de América, en 1974 se funda el colegio Nacional Carchi y la escuela 9 de Octubre, actualmente Unidad Educativa San Isidro, se dedica principalmente a actividades de agricultura y ganadería y El Gobierno Autónomo Descentralizado de San Isidro es parte fundamental y ente activo para la generación del desarrollo de esta zona del país.